متداول‌ترین روش پیوند در خزانه پیوند شکمی است. پایه‌ها عموماً شامل بذر سیب و پایه‌های پاکوتاه مالینگ و مالینگ مرتون است. پایه‌های مالینگ درختانی با اندازه ۶۵-۵۵ درصد درختان بذری سیب تولید می‌کند و متحمل به اکثر بیماری‌ها و سازگارترین پایه به انواع وسیعی از خاک‌ها و اقلیم‌ها می‌باشند. اما مهم‌ترین عیب آن تولید پاجوش زیاد است. پایه‌های مالینگ مرتون جزء پایه‌های نیمه استاندارد بوده و درختان بر روی آن ۹۰ درصد درختان پیوندی روی پایه‌های بذری است این پایه مقاوم‌ترین پایه به خشکی محسوب می‌شود.
برای عملیات پیوند جوانه به‌صورت شکمی باید مراحلی را پشت سر گذاشت: برای تهیه پایه به جهت پیوند جوانه راه‌های مختلفی وجود دارد. اما روش معمول به این صورت است که دو شکاف کم‌عمق و عمود بر یکدیگر ایجاد می‌کنند که یکی از آن‌ها کوتاه و افقی و دیگری بلند در حدود ۳ تا ۴ سانتی‌متر است که به‌صورت عمودی روی ساقه پایه می‌باشند.
برای قرار دادن جوانه پیوندک زیر پوست ساقه ابتدا لازم است که پوست پایه از گیاه جدا شود که البته این امر به‌سادگی ممکن نیست. مگر در شرایطی خاص که شیره گیاهی زیر پوست گیاه در جریان باشد که به‌اصطلاح می‌گویند پایه آب‌دار است؛ چرا که دارای فعالیت حیاتی است. نکته ظریفی که باید به آن اشاره کرد این است که این امر فقط در بهار و پاییز میسر است. چرا که در زمستان شیره‌ای که از آن یاد شد ساکن و راکد است و اصولاً فعالیتی در جهت راحت جدا کردن پوست گیاه ندارد و در تابستان هم پوست رویی به‌شدت خشک شده و کندن آن هم نیز بسیار دشوار خواهد بود.
برای تهیه پیوندک جوانه‌ای را از یک شاخه انتخاب می‌کنند و آن را جدا می‌کنند. اما به روش خاصی این کار را انجام می‌دهند. برای قطع کردن جوانه از شاخه دو برش، یکی بالا و دیگری در پایین جوانه می‌زنند و روی پوست شاخه جدا می‌کنند. چرا که در صورت نفوذ هوا به طبقات زیرین پوست پایه ممکن است جوانه را از بین ببرد. اصولاً عملیات پیوند جوانه به این صورت این کار انجام می‌پذیرد که اول پیوندک را تهیه می‌کنند و سپس به تهیه پایه می‌پردازند.
برای قرار دادن پیوندک روی پایه از چاقوی پیوند زنی استفاده می‌شود. این چاقو پوست پایه را در راستای برش عمودی در دو طرف بلند کرده و پیوندک را زیر آن قرار داده که با فشار دادن به طرف پایه، پیوندک بین پوست پایه و خود پایه قرار می‌گیرد. بعد با طناب بالا و پایین محل استقرار پیوندک را می‌بندند. در پیوند جوانه به روش شکمی نیازی به چسب پیوند نیست. زیرا پوست از نفوذ هوا و اجسام ناخواسته جلوگیری می‌کند.
